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抗酸染色法（acid-fasting staining）﹕又稱Ziehl-Neelsen staining，有些菌體外包脂肪質或蠟質物質，當用強脫色劑處理后，仍會保留染色的顏色，
這些細菌就叫抗酸菌染色后的抗酸菌呈粉紅色或紅色，非抗酸菌則為藍色。

鞭毛染色法（flagella staining）﹕鞭毛形體大小接近光學顯微鏡解像力的限制，所以染色前需先使用染媒，使鞭毛有化學沉淀生成，增大鞭毛，然后用鹼性洋紅染色，染色后鞭毛呈紅色，而細胞為藍色。

莢膜染色法（capsule staining）﹕莢膜為黏質外層，成份為多醣體，較難染色，可以使用印度墨水（India ink）行陰性染色